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ProteoIQ, a comprehensive qualitative and quantitative suite for proteomics
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Feature ProteoIQ
Base
ProteoIQ
Isobaric
ProteoIQ
Isotopic
ProteoIQ
Label
Free
 Scaffold  Proteome
Discoverer
 Sieve 
Wizards and customizable workflows Y Y Y Y Y Y N
Command line processing Y Y Y Y Y N N
Free data viewer Y Y Y Y Y N N
Combine DB search results Y Y Y Y Y Y N
Mascot results integration Y Y Y Y Y Y N
SEQUEST results integration Y Y Y Y Y Y Y
Proteome Discover results integration Y Y Y Y Y Y Y
Protein Pilot results integration Y Y Y Y Y N N
X!Tandem results integration Y Y Y Y Y N N
PepXML results integration Y Y Y Y Y N N
Combined enzyme rule support Y Y Y Y Y Y Y
MudPit workflows Y Y Y Y N N N
GeLC workflows Y Y Y Y N N N
Peptide FDR-concatenated DB Y Y Y Y N N N
Protein FDR-concatenated DB Y Y Y Y N N N
Peptide FDR-separate target/decoy DB Y Y Y Y N N N
Protein FDR-separate target/decoy DB Y Y Y Y N N N
Peptide probability Y Y Y Y Y Y N
Protein probability Y Y Y Y Y Y N
Protein parsimony analysis Y Y Y Y Y Y N
60 filters Y Y Y Y N N N
17 interactive Plots Y Y Y Y N N N
Peptidomic centric view Y Y Y Y Y Y Y
Proteomic centric view Y Y Y Y Y Y Y
Sequence verification view Y Y Y Y Y Y Y
MS/MS spectral views Y Y Y Y Y Y N
Create multiple protein sets Y Y Y Y N N N
Extract proteins/peptides from list Y Y Y Y N N N
Difference Function Y Y Y Y N N N
Intersection Function Y Y Y Y N N N
Union Function Y Y Y Y N N N
Search for neutral losses Y Y Y Y N N N
Query for peptides by PTM Y Y Y Y Y Y N
Extract PTM containing peptides Y Y Y Y N Y N
GO Terms Y Y Y Y Y Y N
KEGG Pathways Y Y Y Y N N N
Display membrane domains Y Y Y Y N N N
Display signal peptides Y Y Y Y N N N
Integrated transcriptomic data Y Y Y Y N N N
Export according to PSI standards Y Y Y Y Y Y N
Export to FASTA Y Y Y Y Y Y N
Export peptides Y Y Y Y Y Y Y
Export proteins Y Y Y Y Y Y Y
Export MS/MS spectra Y Y Y Y N N N
Create web pages for LIMS integration Y Y Y Y N N N
Compare/Quantify across samples Y Y Y Y Y Y Y
Compare/Quantify across replicates Y Y Y Y N N N
Group/Replicate level filtering Y Y Y Y N N N
Qualitative peptide/protein views Y Y Y Y Y Y Y
Spectral count quantification (SPC) Y Y Y Y Y Y N
Replicate and sample SPC Y Y Y Y N N N
Normalize by internal standards Y Y Y Y N N N
NSAF Nrmalization Y Y Y Y N N N
Spectral count Nrmalization Y Y Y Y Y Y N
Apportion shared peptides by uniqueness Y Y Y Y N N N
ANva significance test Y Y Y Y Y Y Y
iTRAQ quantification N Y Y Y Y Y N
TMT quantification N Y Y Y Y Y N
Create custom isobaric labels N Y Y Y N N N
Multiplicity support N Y Y Y Y Y N
Internal and external replicates N Y Y Y Y N N
Correction factors N Y Y Y Y Y N
Control reporter ion peak picking N Y Y Y Y Y N
Modify reference group selection N Y Y Y N N N
Intensity based Nrmalization N Y Y Y N N N
Validate reportor ion intensity N Y Y Y Y Y N
Quantify by SILAC N N Y Y N Y N
Support for ICAT N N Y Y N Y N
15N and 18O workflows N N Y Y N Y N
Create custom isotopic labels N N Y Y N Y N
XIC visualization N N Y Y N N N
Interactive precursor scans N N Y Y N N N
Baseline detection N N Y Y N N Y
S/N detection algorithms N N Y Y N N Y
Peak smoothing N N Y Y N N Y
Manual peak integration N N Y Y N N N
Intensity based label free quantification N N N Y N N Y
Robust peak alignment N N N Y N N Y
Support for fractionation workflows N N N Y N N N
Customized precursor selection N N N Y N N N
Support for high resolution data N N N Y N N Y
Support for low resolution data N N N Y N N Y
Manual peak area selection N N N Y N N Y
Peptide and protein label free quantification N N N Y N N N
Thermo Scientific™ MS file support N N Y Y N Y Y
ABI MS file support N N Y Y N N N
Maximum file limitations (64bit OS) 30K peptides
/GB RAM
30K peptides
/GB RAM
30K peptides
/GB RAM
30K peptides
/GB RAM



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